A különböző gombák pontos azonosítása nemcsak gyógyászati, hanem gazdasági szempontból is nagyon jelentős (pl. növényi kórokozók elleni megfelelő védekezés). A molekuláris módszerek nemcsak akkor segítenek, ha az egyes fajok klasszikus módszerrel (alaktani meghatározás, szelektív tápközeg) nehezen különíthetők el, hanem gyorsabb és specifikusabb eredményeket kaphatunk az előzőekhez képest. Néhány szóban bemutatnám a polimeráz láncreakciót (PCR), mely ma a legelterjedtebb módszer a fajok azonosításában. A PCR lényege, hogy egy fajspecifikus DNS szakaszt a megfelelő körülmények és indítószekvenciák segítségével nagy mennyiségben fel lehet szaporítani.
Ehhez először is szükség van a DNS kivonatra, mely a gomba szétroncsolásával, a sejtfal bontását követően a különböző fehérje természetű anyagok eltávolítása után már rendelkezésre is áll. Ezt követően ki kell választani, hogy a DNS mely szakaszát szeretnénk vizsgálni (ehhez a szakirodalom alapos áttanulmányozása nyújt segítséget). Gombák esetén általánosan használják a sejtmagi riboszomális géneket elválasztó átíródó régiót (ITS). Ez a 18 S és 5,8 S riboszomális gének között található ITS1 és az 5,8 S és 28 S riboszomális gének között található ITS2 szakaszokat foglalja magába. Az egész régiót szokás vizsgálni, melyben található nagyon variábilis rész (ITS1 és ITS2), illetve konzervált rész is (5,8 S és a 18 S és 28 S riboszomális szakaszok részletei). A képen a leggyakrabban használt primerek is fel vannak tüntetve (forrás: http://biology.duke.edu/fungi/mycolab/primers.htm).
A PCR reakció során a DNS kettős szálat először magas hőmérsékleten szét kell választani (94°C), majd az indítószekvenciáknak (primer) megfelelő hőmérsékleten azok hozzákapcsolódnak a DNS megfelelő szakaszához és a DNS-polimeráz enzim segítségével, szintén az annak kedvező hőmérsékleten (72 °C) a megtörténik a lánchosszabbítás. Ez az eredeti láncot mintaként használva a primerek által kijelölt helytől kezdve zajlik. Ezek a lépések aztán majd újra meg újra megismétlődnek, melyben minden újonnan szintetizált DNS szakasz a következő reakció templátja is, tehát exponenciálisan nő a termékek száma.
Miután lezajlott a reakció a PCR termék gélelektroforézis segítségével mérete alapján azonosítható. Gélelektroforézis során egy porózus gélben (agaróz) a DNS molekulák töltésüknek köszönhetően vándorolnak az elektródák között, a kisebbek gyorsabban, míg a nagyobbak lassabban. Így végül méretük szerint elválnak, az eredmény pedig különböző eljárásokkal láthatóvá tehető. A képen a felszaporított ITS régió gélelektroforézise látszik. A marker oszlopban ismert minden sáv mérete, ez alapján tudunk következtetni a saját mintánkéra is. A kapott termék persze ezt követően még tovább vizsgálható szekvenciájának meghatározásával, de erről majd máskor.
